2 Regionalexpresszüge treffen sich kurz vor dem Unkeler Bahnhof. Vom Bahnhof Unkel fahren zu den Hauptverkehrszeiten im 30-Minuten-Takt der RE 8 (Rhein-Erft-Express) und die RB 27 (Rhein-Erft-Bahn) auf der rechten Rheinstrecke nach Mönchengladbach und Koblenz. Der Zug in Richtung Mönchengladbach hält u. a. in Bad Honnef, Königswinter, Bonn-Beuel und Köln, seit Sommer 2004 hält die RE 8-Linie auch am Köln/Bonner Flughafen. Der Zug in südliche Richtung hält u. a. an den Stationen Linz, Bad Hönningen, Rheinbrohl und Neuwied.
Unkel gehört dem Verkehrsverbund Rhein-Sieg und dem Verkehrsverbund Rhein-Mosel an. Die Linie 565 verkehrt vom Linzer Bahnhof zur Bad Honnefer Stadtbahn-Endhaltestelle der Linie 66 und verbindet Unkel somit mit dem Netz der Bonner Stadtbahn. Auf der Strecke liegen Bushaltestellen in Rheinbreitbach, Unkel-Scheuren, Unkel-Stadtmitte, Unkel-Heister, Erpel und Kasbach. Die Linie 134 führt ins nahegelegene Bruchhausen und nach Orsberg, während die Linie 133 Verbindungen mit Rheinbreitbach und dessen Ortsteil Breite Heide schafft.
Unkel ist über die B 42 an die nördlicher (Bad Honnef, Königswinter, Bonn) und südlicher gelegenen Städte (Linz, Bad Hönningen, Neuwied) angebunden. Via L 252 erreicht man über Bruchhausen und den Bad Honnefer Stadtbezirk Aegidienberg die Anschluss-Stelle Bad Honnef/Linz der A 3. Die Verbindung zur A 3 ist auch über die Bad Honnefer Schmelztalstraße (L 144) möglich, die über einen wesentlich besseren Straßenzustand verfügt.
Unkel liegt am Abschnitt Mittelrhein (rechtsrheinischen Variante) des Rheinradwegs. Die gut befahrbare und touristisch häufig genutzte Strecke nach Norden führt am Rhein entlang nach Bad Honnef, Königswinter und Bonn. In südliche Richtung führen breitere Wege nur bis nach Erpel, der weitere Weg ist oft schmaler und liegt etwas weiter weg vom Rhein. Im weiteren Verlauf ist er bis nach Neuwied gut befahrbar und ausgeschildert.
Die Rheinfähre von Unkel nach Remagen-Birgel wurde erstmals im Jahr 1110 erwähnt. Die Fähre gehörte zuerst dem Stift Maria ad Gradus und ging später in den Besitz des Orgelfonds über. Bekannt wurde die Fähre durch das Orgelwerk „Unkeler Fahr“ von Tilo Medek, der zu der Zeit in Unkel wohnte. Die Überfahrt erfolgte mit dem Fährnachen, ein langer Kahn, an dem auch ein Segel befestigt werden konnte. Die Fähre wurde auch genutzt, um Personen zu den Ausflugsschiffen zu bringen, da Unkel zeitweise keine Landebrücke für Dampfschiffe hatte. Im Jahre 1906 wurde beschlossen den Kahn durch eine Motorbootfähre zu ersetzen. Die Fähre wurde von zwei Unkelern gekauft und vom Stadtrat mit 250 Mark jährlich unterstützt. Im Ersten Weltkrieg musste der Fährbetrieb wieder mit dem Ruderboot durchgeführt werden, da keine Person mit Schiffsführerschein aufgetrieben werden konnte. Im Jahre 1926 nahm eine weitere Motorfähre den Betrieb auf, nachdem zuvor eine weitere Motorbootlandebrücke am Rheinufer gebaut worden war. Später ließ der Fährverkehr stark nach, ab 1976 wurde die Fähre nur noch nebenberuflich betrieben und später eingestellt. Unkel ist weiterhin Haltestelle verschiedener Rheinschiffartsbetriebe.
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